Pathogenverwaltung

Im Admin-Panel finden Sie unter dem Reiter Pathogen alle Funktionen zur Verwaltung von Pathogenen. Hier können Sie Pathogene anlegen, ändern oder aktivieren sowie Analyse-Schema und Beispieldaten hochladen.

Pathogene anlegen

1. Öffnen Sie im Reiter Pathogen die Übersicht und klicken Sie auf Create new.
2. Füllen Sie die Pflichtfelder Name, Type und Genetic Distance Threshold aus.

• Sie können zwischen den Pathogentypen Viral und Bacterial wählen. Davon abhängig werden unterschiedliche Analyse-Skripte ausgeführt, um Mutationen innerhalb von Genomsequenzen zu bestimmen.
• Der genetische Distanz-Schwellenwert (Genetic Distance Threshold) gibt an, ab welcher genetischen Distanz von einer direkten Infektion zwischen zwei Fällen ausgegangen werden kann.

3. Setzen Sie das Pathogen auf „aktiv” oder „inaktiv”. In der GENTRAIN-Anwendung stehen nur alle aktiven Pathogene zur Verfügung.
4. Laden Sie das entsprechende Analyse-Schema hoch. Die Struktur des Schema ist abhängig vom gewählten Pathogentyp, der Inhalt vom Pathogen. Weitere Informationen finden Sie unter TODO: add link to pathogen scheme.
5. Sie haben außerdem die Möglichkeit, Beispiel-Daten hochzuladen. Diese können anschließend über die GENTRAIN-Datenverwaltung für das jeweils aktive Pathogen heruntergeladen werden.
6. Bestätigen Sie ihre Angaben, indem Sie auf „Save” klicken.

Pathogene bearbeiten

Abgesehen vom gewählten Pathogentyp können Sie Pathogene nachträglich ändern. Schemata können nicht gelöscht, sondern nur durch ein anderes ersetzt werden.

Analyse-Schemata

Bei der Analyse von Genomsequenzen dienen Schemata als Referenz für die importierten Sequenzdaten. Da für Viren und Bakterien verschiedene Skripte zur Mutationsbestimmung verwendet werden, unterscheiden sich auch die Schemata in ihrer Struktur. Die Schemata sind als ZIP-Datei hochzuladen, die anschließend auf dem Server entpackt werden. Um die Sicherheit des Systems zu gewährleisten, werden die ZIP-Dateien einer strengen Validierung unterzogen.

Hochgeladene ZIP-Dateien dürfen 300 MB nicht überschreiten, die entpackten Datenmengen dürfen maximal 8 GB betragen. Es wird jederzeit sichergestellt, dass der Server nach dem Extrahieren einer ZIP-Datei noch über ausreichend freien Speicherplatz verfügt. Wenn Sie mehr Speicherplatz benötigen, wenden Sie sich bitte an Ihren Hosting-Provider.

Viren

Datei / Element	Zweck	Erforderlich
pathogen.json	Metadaten über Pathogen, Clades/Lineages, Versionsinfo, Festlegung der verwendeten Referengenom-Datei (reference.fasta)	✅
reference.fasta	Referenzgenom für Alignment und Mutation Calling. Eine mögliche Bezugsquelle für Referenzgenome ist bspw. die Genom-Datenbank des NCBI.	✅
tree.json	Phylogenetischer Baum / Clade-Struktur

Bakterien

Datei / Element	Zweck	Erforderlich
.genes_list	Liste aller Loci im Schema	✅
.schema_config	Konfigurations- und Metadaten des Schemas	✅
loci_modes	Definiert den Calling-Modus pro Locus	✅
self_scores	Qualitäts- und Ähnlichkeitsbewertung der Allele
*.fasta	Alle Allele eines Locus im Hauptschema	Datein aus .genes_list müssen enthalten sein.
short/*.fasta	Reduzierte/repräsentative Allele für Short-Schema	Datein aus .genes_list müssen enthalten sein.
short/self_scores	Bewertungstabelle für das Short-Schema

Beispieldaten

Für die verschiedenen Importe der Anwendung können Beispieldateien zur Verfügung gestellt werden. Unabhängig vom Pathogentyp sind Falldaten und Kontaktdaten im CSV-Format hochzuladen. Die Struktur dieser Dateien können Sie dem Abschnitt Datenimport im Bereich „Datenverwaltung” der Anwendungsdokumentation entnehmen. Nach dem Speichern des Pathogens werden die Dateien auf ihre Korrektheit und Sicherheitslücken untersucht.