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Dashboard

Das Dashboard ist die zentrale Ansicht Ihres gesamten Datenbestands in GENTRAIN.
Es bietet interaktive Auswertungs- und Visualisierungsmöglichkeiten für alle Daten. Darüber hinaus finden Sie dort Werkzeuge zur Anpassung der Visualisierung, einen interaktiven Graphen (Minimaler Spannbaum) zur Untersuchung von Kontakten und Ausbrüchen sowie Tabellen mit Detailinformationen.

Seitenaufbau​

Die Dashboard-Seite ist in drei Hauptbereiche unterteilt:

  • Linke Spalte (Einstellungen & Charts):

    • Visualisierungsoptionen (z. B. Kontaktkanten oder nicht-sequenzierte Falldaten)
    • Optionen zur Einfärbung des Graphen (z. B. nach Ausbruch, Cluster oder Zeitspanne)
    • Übersichtscharts (z. B. Fälle pro Tag, Fälle pro Ausbruch/Cluster)

  • Rechte Spalte (Visualisierung):

    • Interaktiver 2D-Graph mit Fällen (Knoten) und Verbindungen (Links)
    • Legende, Detail-Panel für ausgewählte Fälle und Grapheinstellungen

  • Unter dem Graphen:

    • Informationstabellen mit Fall- und Clusterdetails
    • Distanzmatrix aller genetischen Distanzen

Einstellungen​

Im Bereich „Einstellungen“ können Sie die Basisfilter konfigurieren:

  • Fälle ohne Sequenzen anzeigen: Blendet Fälle ohne Sequenzdaten ein oder aus.
  • Kontaktkanten anzeigen: Blendet die Kontaktkanten im Graphen ein oder aus. Diese enthalten Informationen aus Kontaktnachverfolgungsdaten oder gemeinsamen epidemiologischen Merkmalen.

Änderungen an den Einstellungen aktualisieren den Graphen sofort.
Wird ein aktiver Pathogenwechsel erkannt, wird der Graph zunächst geleert und anschließend neu aufgebaut, damit die Visualisierung konsistent bleibt.

Einfärbung​

Die Einfärbung bestimmt, wie Knoten im Graphen farblich dargestellt werden.
Mögliche Modi sind:

  • Ausbrüche: Färbung nach bereits definierten Ausbrüchen
  • Zeitspanne: Färbung nach Registrierungsdatum
  • Cluster: Färbung nach automatisch identifizierten Clustern auf Basis genetischer Distanzen

Parameter:

  • Clusterschwellenwert: Legt fest, ab welcher Distanz Fälle zu einem Cluster zusammengefasst werden.
🧬 Erklärung: Cluster

Im Modus Cluster werden zunächst alle Verbindungen betrachtet, deren genetische Distanz kleiner oder gleich dem eingestellten Clusterschwellenwert ist.
Kontaktkanten werden bei dieser distanzbasierten Analyse nicht als Distanzquelle verwendet.

Anschließend werden aus diesem Graphen zusammenhängende Komponenten (connected components) ermittelt:

  • Komponenten kleiner als die minimale Clustergröße (Standard: 2 Fälle) werden ausgefiltert.
  • Verbliebene Komponenten erhalten fortlaufende Cluster-Namen (z. B. Cluster 1) und werden mithilfe einer erzeugten ColorMap farblich hervorgehoben.
  • Fälle ohne verfügbare Sequenzdaten werden nicht berücksichtigt, da sie sonst tendenziell eigene (kleine) Gruppen bilden würden.
    Diese Fälle erhalten stattdessen die Kennzeichnung „kein Cluster zugewiesen“.

Graph-Visualisierung​

Der Graph stellt in seiner einfachsten Form Fälle als Knoten und genetische Verbindungen als graue Kanten in einem „Minimalen Spannbaum“ dar. Durchgezogene Kanten repräsentieren genetische Verbindungen unterhalb des pathogenabhängigen Distanzschwellenwerts, während gestrichelte Kanten genetische Verbindungen gleich oder oberhalb des Schwellenwerts darstellen. Das erlaubt eine schnelle visuelle Einschätzung der genetischen Nähe zwischen Fällen.

Rote Zusatzkanten für genetische Distanzen

Beim Anklicken eines Falls können zusätzliche rote, gestrichelte Kanten eingeblendet werden.
Diese Kanten erscheinen, wenn zwischen dem ausgewählten Fall und anderen Fällen eine genetische Distanz besteht, die unterhalb des festgelegten Distanzschwellenwerts liegt.

Damit lassen sich potenzielle epidemiologische Verbindungen sichtbar machen, die in der Darstellung als Minimaler Spannbaum (Minimum Spanning Tree) sonst verborgen bleiben würden – da in dieser Visualisierungsform jeder Fall nur durch eine einzige Kante verbunden ist.

Steuerung​

Maus​

  • 🖱️ Scrollrad: Zoom in/aus
  • 🖱️ Linksklick + Ziehen: Graph verschieben

Touchpad​

  • ✋ Zwei-Finger-Zoom: Zoom in/aus
  • ✋ Ein-Finger-Ziehen: Graph verschieben

Verwenden Sie die Funktion Zoom-to-Fit in der unteren rechten Ecke, um den Graphen optimal an die Fenstergröße anzupassen.

Der Graph wird aus mehreren Quellen erstellt:
Distanzmatrix (genetische Distanzen) und Kontaktdaten.

Charts​

Das Dashboard enthält zwei kompakte Diagramme zur schnellen Übersicht:

  • Fälle pro Tag (AreaChart):
    Aggregiert die Anzahl der Fälle pro Registrierungsdatum und trennt diese pro Cluster.
    Nützlich, um zeitliche Trends innerhalb von Clustern zu erkennen.

  • Fälle pro Ausbruch/Cluster (PieChart):
    Zeigt die Verteilung der Fälle auf die identifizierten Cluster.
    Das Zentrum des Diagramms zeigt die Gesamtfallzahl an.

Beide Diagramme sind reaktiv:

  • Sie basieren auf dem aktuellen Graph-Datensatz und aktualisieren sich bei Änderungen der Einstellungen oder des aktiven Pathogens.

  • Der Chart „Fälle pro Ausbruch/Cluster“ wird nur angezeigt, wenn ausreichend Platz verfügbar ist (z. B. auf größeren Bildschirmen).

Tabellen und Detailinformationen​

Unterhalb der Visualisierung finden Sie ausklappbare Informationsbereiche:

  • Fallinformationen: Liste der in der aktuellen Ansicht enthaltenen Fälle mit wichtigen Feldern (z. B. Fall-ID, Registrierungsdatum, zugeordneter Ausbruch).
  • Informationen über gefundene Cluster: Tabellarische Aufbereitung mit Cluster-Statistiken und relevanten Metadaten.
  • Genetische Distanzmatrix: Detaillierte Matrix mit paarweisen genetischen Distanzen, die für Clustering und Abstandsberechnungen verwendet wird. Diese kann auch als CSV-Datei exportiert werden.

Die Anzeige wechselt automatisch zwischen Cluster- und Falltabellen, je nachdem, welcher Einfärbungs-Modus aktiv ist.

Hinweise zur Datenaktualisierung​

  • Wenn sich das aktive Pathogen ändert, wird das Dashboard neu initialisiert, und die Graphdaten werden aus den aktuellen Fällen, Kontakten und der Distanzmatrix neu berechnet.

Tipps und Fehlerbehebung​

  • 🔍 Keine Daten sichtbar?
    Prüfen Sie, ob Sie das korrekte Pathogen ausgewählt haben oder ob Filter (z. B. „Fälle ohne Sequenzen anzeigen“) alle Fälle ausschließen.

Weiterführende Informationen​

Für Details zur Erzeugung der Distanzmatrix und zu den genomischen Operationen siehe den Abschnitt für Entwickler:
Entwicklung → Genomische Operationen.